python2-biopython

Paket-Details
Name python2-biopython
Version 1.67-1
Beschreibung Freely available Python tools for computational molecular biology
URL http://www.biopython.org
Lizenzen custom
Paket-Details
Repositorium community
Architektur i686
Gruppen
Packer Evgeniy Alekseev @
Erstellt am 10.06.2016 01:03
Veröffentlicht am 20.06.2016 23:38
Quelltext Quelldateien, Änderungshistorie
Bugs Bug-Tracker
Paket python2-biopython-1.67-1-i686.pkg.tar.xz
MD5-Prüfsumme 45c3f976c1d8411dbb40ad57bdef2369
SHA256-Prüfsumme bb133aac8c8662bc00964b13a82cbb50f65688a804a641d83ad922bf4a66260d
PGP-Signatur python2-biopython-1.67-1-i686.pkg.tar.xz.sig
Paket-Größe 1,82 MByte
Installations-Größe 12,13 MByte
Abhängigkeiten
hängt ab von benötigt von stellt bereit kollidiert mit ersetzt
          hängt optional ab von optional benötigt von Bauen hängt ab von Bauen benötigt von Test hängt ab von
                  Dateien
                  • usr
                    • lib
                      • python2.7
                        • site-packages
                          • Bio
                            • Affy
                              • CelFile.py
                              • CelFile.pyc
                              • __init__.py
                              • __init__.pyc
                            • Align
                              • AlignInfo.py
                              • AlignInfo.pyc
                              • Applications
                                • _ClustalOmega.py
                                • _ClustalOmega.pyc
                                • _Clustalw.py
                                • _Clustalw.pyc
                                • _Dialign.py
                                • _Dialign.pyc
                                • _Mafft.py
                                • _Mafft.pyc
                                • _MSAProbs.py
                                • _MSAProbs.pyc
                                • _Muscle.py
                                • _Muscle.pyc
                                • _Prank.py
                                • _Prank.pyc
                                • _Probcons.py
                                • _Probcons.pyc
                                • _TCoffee.py
                                • _TCoffee.pyc
                                • __init__.py
                                • __init__.pyc
                              • Generic.py
                              • Generic.pyc
                              • __init__.py
                              • __init__.pyc
                            • AlignIO
                              • ClustalIO.py
                              • ClustalIO.pyc
                              • EmbossIO.py
                              • EmbossIO.pyc
                              • FastaIO.py
                              • FastaIO.pyc
                              • Interfaces.py
                              • Interfaces.pyc
                              • NexusIO.py
                              • NexusIO.pyc
                              • PhylipIO.py
                              • PhylipIO.pyc
                              • StockholmIO.py
                              • StockholmIO.pyc
                              • __init__.py
                              • __init__.pyc
                            • Alphabet
                              • IUPAC.py
                              • IUPAC.pyc
                              • Reduced.py
                              • Reduced.pyc
                              • __init__.py
                              • __init__.pyc
                            • Application
                              • __init__.py
                              • __init__.pyc
                            • bgzf.py
                            • bgzf.pyc
                            • Blast
                              • Applications.py
                              • Applications.pyc
                              • NCBIStandalone.py
                              • NCBIStandalone.pyc
                              • NCBIWWW.py
                              • NCBIWWW.pyc
                              • NCBIXML.py
                              • NCBIXML.pyc
                              • ParseBlastTable.py
                              • ParseBlastTable.pyc
                              • Record.py
                              • Record.pyc
                              • __init__.py
                              • __init__.pyc
                            • CAPS
                              • __init__.py
                              • __init__.pyc
                            • Cluster
                              • cluster.so
                              • __init__.py
                              • __init__.pyc
                            • codonalign
                              • chisq.py
                              • chisq.pyc
                              • codonalignment.py
                              • codonalignment.pyc
                              • codonalphabet.py
                              • codonalphabet.pyc
                              • codonseq.py
                              • codonseq.pyc
                              • __init__.py
                              • __init__.pyc
                            • Compass
                              • __init__.py
                              • __init__.pyc
                            • cpairwise2.so
                            • Crystal
                              • __init__.py
                              • __init__.pyc
                            • Data
                              • CodonTable.py
                              • CodonTable.pyc
                              • IUPACData.py
                              • IUPACData.pyc
                              • SCOPData.py
                              • SCOPData.pyc
                              • __init__.py
                              • __init__.pyc
                            • DocSQL.py
                            • DocSQL.pyc
                            • Emboss
                              • Applications.py
                              • Applications.pyc
                              • Primer3.py
                              • Primer3.pyc
                              • PrimerSearch.py
                              • PrimerSearch.pyc
                              • __init__.py
                              • __init__.pyc
                            • Entrez
                              • DTDs
                                • archivearticle.dtd
                                • archivecustom-classes.ent
                                • archivecustom-mixes.ent
                                • archivecustom-models.ent
                                • archivecustom-modules.ent
                                • articlemeta.ent
                                • backmatter.ent
                                • bookdoc_100301.dtd
                                • bookdoc_110101.dtd
                                • bookdoc_120101.dtd
                                • bookdoc_130101.dtd
                                • bookdoc_140101.dtd
                                • bookdoc_150101.dtd
                                • chars.ent
                                • common.ent
                                • default-classes.ent
                                • default-mixes.ent
                                • display.ent
                                • Docsum_3_0.dtd
                                • Docsum_3_0.mod.dtd
                                • Docsum_3_1.dtd
                                • Docsum_3_1.mod.dtd
                                • Docsum_3_2.dtd
                                • Docsum_3_2.mod.dtd
                                • Docsum_3_3.dtd
                                • Docsum_3_3.mod.dtd
                                • Docsum_3_4.dtd
                                • Docsum_3_4.mod.dtd
                                • egquery.dtd
                                • einfo.dtd
                                • eInfo_020511.dtd
                                • elink_020122.dtd
                                • eLink_090910.dtd
                                • eLink_101123.dtd
                                • EMBL_General.dtd
                                • EMBL_General.mod.dtd
                                • ePost_020511.dtd
                                • esearch.dtd
                                • eSearch_020511.dtd
                                • eSpell.dtd
                                • esummary-v1.dtd
                                • eSummary_041029.dtd
                                • format.ent
                                • GenBank_General.dtd
                                • GenBank_General.mod.dtd
                                • HomoloGene.dtd
                                • HomoloGene.mod.dtd
                                • htmltable.dtd
                                • INSD_INSDSeq.dtd
                                • INSD_INSDSeq.mod.dtd
                                • isoamsa.ent
                                • isoamsb.ent
                                • isoamsc.ent
                                • isoamsn.ent
                                • isoamso.ent
                                • isoamsr.ent
                                • isobox.ent
                                • isocyr1.ent
                                • isocyr2.ent
                                • isodia.ent
                                • isogrk1.ent
                                • isogrk2.ent
                                • isogrk3.ent
                                • isogrk4.ent
                                • isolat1.ent
                                • isolat2.ent
                                • isomfrk.ent
                                • isomopf.ent
                                • isomscr.ent
                                • isonum.ent
                                • isopub.ent
                                • isotech.ent
                                • journalmeta.ent
                                • link.ent
                                • list.ent
                                • math.ent
                                • mathml2-qname-1.mod
                                • mathml2.dtd
                                • mathmlsetup.ent
                                • MMDB.dtd
                                • MMDB.mod.dtd
                                • MMDB_Chemical_graph.dtd
                                • MMDB_Chemical_graph.mod.dtd
                                • MMDB_Features.dtd
                                • MMDB_Features.mod.dtd
                                • MMDB_Structural_model.dtd
                                • MMDB_Structural_model.mod.dtd
                                • mmlalias.ent
                                • mmlextra.ent
                                • modules.ent
                                • NCBI_Access.dtd
                                • NCBI_Access.mod.dtd
                                • NCBI_all.dtd
                                • NCBI_Biblio.dtd
                                • NCBI_Biblio.mod.dtd
                                • NCBI_BioSource.dtd
                                • NCBI_BioSource.mod.dtd
                                • NCBI_BioTree.dtd
                                • NCBI_BioTree.mod.dtd
                                • NCBI_Blast4.dtd
                                • NCBI_Blast4.mod.dtd
                                • NCBI_BlastDL.dtd
                                • NCBI_BlastDL.mod.dtd
                                • NCBI_BlastOutput.dtd
                                • NCBI_BlastOutput.mod.dtd
                                • NCBI_Cdd.dtd
                                • NCBI_Cdd.mod.dtd
                                • NCBI_Cn3d.dtd
                                • NCBI_Cn3d.mod.dtd
                                • NCBI_Entity.mod.dtd
                                • NCBI_Entrez2.dtd
                                • NCBI_Entrez2.mod.dtd
                                • NCBI_Entrezgene.dtd
                                • NCBI_Entrezgene.mod.dtd
                                • NCBI_FeatDef.dtd
                                • NCBI_FeatDef.mod.dtd
                                • NCBI_GBSeq.dtd
                                • NCBI_GBSeq.mod.dtd
                                • NCBI_Gene.dtd
                                • NCBI_Gene.mod.dtd
                                • NCBI_General.dtd
                                • NCBI_General.mod.dtd
                                • NCBI_ID1Access.dtd
                                • NCBI_ID1Access.mod.dtd
                                • NCBI_ID2Access.dtd
                                • NCBI_ID2Access.mod.dtd
                                • NCBI_MedArchive.dtd
                                • NCBI_MedArchive.mod.dtd
                                • NCBI_Medlars.dtd
                                • NCBI_Medlars.mod.dtd
                                • NCBI_Medline.dtd
                                • NCBI_Medline.mod.dtd
                                • NCBI_Mim.dtd
                                • NCBI_Mim.mod.dtd
                                • NCBI_Mime.dtd
                                • NCBI_Mime.mod.dtd
                                • NCBI_ObjPrt.dtd
                                • NCBI_ObjPrt.mod.dtd
                                • NCBI_Organism.dtd
                                • NCBI_Organism.mod.dtd
                                • NCBI_PCAssay.dtd
                                • NCBI_PCAssay.mod.dtd
                                • NCBI_PCSubstance.dtd
                                • NCBI_PCSubstance.mod.dtd
                                • NCBI_Project.dtd
                                • NCBI_Project.mod.dtd
                                • NCBI_Protein.dtd
                                • NCBI_Protein.mod.dtd
                                • NCBI_Pub.dtd
                                • NCBI_Pub.mod.dtd
                                • NCBI_PubMed.dtd
                                • NCBI_PubMed.mod.dtd
                                • NCBI_Remap.dtd
                                • NCBI_Remap.mod.dtd
                                • NCBI_RNA.dtd
                                • NCBI_RNA.mod.dtd
                                • NCBI_Rsite.dtd
                                • NCBI_Rsite.mod.dtd
                                • NCBI_ScoreMat.dtd
                                • NCBI_ScoreMat.mod.dtd
                                • NCBI_Seqalign.dtd
                                • NCBI_Seqalign.mod.dtd
                                • NCBI_SeqCode.dtd
                                • NCBI_SeqCode.mod.dtd
                                • NCBI_Seqfeat.dtd
                                • NCBI_Seqfeat.mod.dtd
                                • NCBI_Seqloc.dtd
                                • NCBI_Seqloc.mod.dtd
                                • NCBI_Seqres.dtd
                                • NCBI_Seqres.mod.dtd
                                • NCBI_Seqset.dtd
                                • NCBI_Seqset.mod.dtd
                                • NCBI_SeqTable.dtd
                                • NCBI_SeqTable.mod.dtd
                                • NCBI_Sequence.dtd
                                • NCBI_Sequence.mod.dtd
                                • NCBI_Seq_split.dtd
                                • NCBI_Seq_split.mod.dtd
                                • NCBI_Submit.dtd
                                • NCBI_Submit.mod.dtd
                                • NCBI_TSeq.dtd
                                • NCBI_TSeq.mod.dtd
                                • NCBI_TxInit.dtd
                                • NCBI_TxInit.mod.dtd
                                • NCBI_Variation.dtd
                                • NCBI_Variation.mod.dtd
                                • nlm-articleset-2.0.dtd
                                • nlmcommon_011101.dtd
                                • nlmcommon_080101.dtd
                                • nlmcommon_090101.dtd
                                • nlmmedlinecitationset_100101.dtd
                                • nlmmedlinecitationset_100301.dtd
                                • nlmmedlinecitationset_110101.dtd
                                • nlmmedlinecitationset_120101.dtd
                                • nlmmedlinecitationset_130101.dtd
                                • nlmmedlinecitationset_130501.dtd
                                • nlmmedlinecitationset_140101.dtd
                                • nlmmedlinecitationset_150101.dtd
                                • nlmmedlinecitation_011101.dtd
                                • nlmmedlinecitation_080101.dtd
                                • nlmmedlinecitation_090101.dtd
                                • nlmmedline_011101.dtd
                                • nlmmedline_080101.dtd
                                • nlmmedline_090101.dtd
                                • nlmserials_080101.dtd
                                • nlmserials_100101.dtd
                                • nlmsharedcatcit_080101.dtd
                                • nlmsharedcatcit_090101.dtd
                                • notat.ent
                                • NSE.dtd
                                • NSE.mod.dtd
                                • OMSSA.dtd
                                • OMSSA.mod.dtd
                                • para.ent
                                • PDB_General.dtd
                                • PDB_General.mod.dtd
                                • phrase.ent
                                • PIR_General.dtd
                                • PIR_General.mod.dtd
                                • pmc-1.dtd
                                • PRF_General.dtd
                                • PRF_General.mod.dtd
                                • pubmed_020114.dtd
                                • pubmed_080101.dtd
                                • pubmed_090101.dtd
                                • pubmed_100101.dtd
                                • pubmed_100301.dtd
                                • pubmed_110101.dtd
                                • pubmed_120101.dtd
                                • pubmed_130101.dtd
                                • pubmed_130501.dtd
                                • pubmed_140101.dtd
                                • pubmed_150101.dtd
                                • references.ent
                                • section.ent
                                • SP_General.dtd
                                • SP_General.mod.dtd
                                • taxon.dtd
                                • XHTMLtablesetup.ent
                                • xmlspecchars.ent
                              • Parser.py
                              • Parser.pyc
                              • __init__.py
                              • __init__.pyc
                            • ExPASy
                              • Enzyme.py
                              • Enzyme.pyc
                              • Prodoc.py
                              • Prodoc.pyc
                              • Prosite.py
                              • Prosite.pyc
                              • ScanProsite.py
                              • ScanProsite.pyc
                              • __init__.py
                              • __init__.pyc
                            • File.py
                            • File.pyc
                            • FSSP
                              • FSSPTools.py
                              • FSSPTools.pyc
                              • fssp_rec.py
                              • fssp_rec.pyc
                              • __init__.py
                              • __init__.pyc
                            • GA
                              • Crossover
                                • General.py
                                • General.pyc
                                • GeneralPoint.py
                                • GeneralPoint.pyc
                                • Point.py
                                • Point.pyc
                                • TwoPoint.py
                                • TwoPoint.pyc
                                • Uniform.py
                                • Uniform.pyc
                                • __init__.py
                                • __init__.pyc
                              • Evolver.py
                              • Evolver.pyc
                              • Mutation
                                • General.py
                                • General.pyc
                                • Simple.py
                                • Simple.pyc
                                • __init__.py
                                • __init__.pyc
                              • Organism.py
                              • Organism.pyc
                              • Repair
                                • Stabilizing.py
                                • Stabilizing.pyc
                                • __init__.py
                                • __init__.pyc
                              • Selection
                                • Abstract.py
                                • Abstract.pyc
                                • Diversity.py
                                • Diversity.pyc
                                • RouletteWheel.py
                                • RouletteWheel.pyc
                                • Tournament.py
                                • Tournament.pyc
                                • __init__.py
                                • __init__.pyc
                              • __init__.py
                              • __init__.pyc
                            • GenBank
                              • Record.py
                              • Record.pyc
                              • Scanner.py
                              • Scanner.pyc
                              • utils.py
                              • utils.pyc
                              • __init__.py
                              • __init__.pyc
                            • Geo
                              • Record.py
                              • Record.pyc
                              • __init__.py
                              • __init__.pyc
                            • Graphics
                              • BasicChromosome.py
                              • BasicChromosome.pyc
                              • ColorSpiral.py
                              • ColorSpiral.pyc
                              • Comparative.py
                              • Comparative.pyc
                              • DisplayRepresentation.py
                              • DisplayRepresentation.pyc
                              • Distribution.py
                              • Distribution.pyc
                              • GenomeDiagram
                                • _AbstractDrawer.py
                                • _AbstractDrawer.pyc
                                • _CircularDrawer.py
                                • _CircularDrawer.pyc
                                • _Colors.py
                                • _Colors.pyc
                                • _CrossLink.py
                                • _CrossLink.pyc
                                • _Diagram.py
                                • _Diagram.pyc
                                • _Feature.py
                                • _Feature.pyc
                                • _FeatureSet.py
                                • _FeatureSet.pyc
                                • _Graph.py
                                • _Graph.pyc
                                • _GraphSet.py
                                • _GraphSet.pyc
                                • _LinearDrawer.py
                                • _LinearDrawer.pyc
                                • _Track.py
                                • _Track.pyc
                                • __init__.py
                                • __init__.pyc
                              • KGML_vis.py
                              • KGML_vis.pyc
                              • __init__.py
                              • __init__.pyc
                            • HMM
                              • DynamicProgramming.py
                              • DynamicProgramming.pyc
                              • MarkovModel.py
                              • MarkovModel.pyc
                              • Trainer.py
                              • Trainer.pyc
                              • Utilities.py
                              • Utilities.pyc
                              • __init__.py
                              • __init__.pyc
                            • Index.py
                            • Index.pyc
                            • KDTree
                              • KDTree.py
                              • KDTree.pyc
                              • _CKDTree.so
                              • __init__.py
                              • __init__.pyc
                            • KEGG
                              • Compound
                                • __init__.py
                                • __init__.pyc
                              • Enzyme
                                • __init__.py
                                • __init__.pyc
                              • KGML
                                • KGML_parser.py
                                • KGML_parser.pyc
                                • KGML_pathway.py
                                • KGML_pathway.pyc
                                • __init__.py
                                • __init__.pyc
                              • Map
                                • __init__.py
                                • __init__.pyc
                              • REST.py
                              • REST.pyc
                              • __init__.py
                              • __init__.pyc
                            • kNN.py
                            • kNN.pyc
                            • LogisticRegression.py
                            • LogisticRegression.pyc
                            • MarkovModel.py
                            • MarkovModel.pyc
                            • MaxEntropy.py
                            • MaxEntropy.pyc
                            • Medline
                              • __init__.py
                              • __init__.pyc
                            • motifs
                              • alignace.py
                              • alignace.pyc
                              • applications
                                • _xxmotif.py
                                • _xxmotif.pyc
                                • __init__.py
                                • __init__.pyc
                              • jaspar
                                • db.py
                                • db.pyc
                                • __init__.py
                                • __init__.pyc
                              • mast.py
                              • mast.pyc
                              • matrix.py
                              • matrix.pyc
                              • meme.py
                              • meme.pyc
                              • thresholds.py
                              • thresholds.pyc
                              • transfac.py
                              • transfac.pyc
                              • _pwm.so
                              • __init__.py
                              • __init__.pyc
                            • NaiveBayes.py
                            • NaiveBayes.pyc
                            • NeuralNetwork
                              • BackPropagation
                                • Layer.py
                                • Layer.pyc
                                • Network.py
                                • Network.pyc
                                • __init__.py
                                • __init__.pyc
                              • Gene
                                • Motif.py
                                • Motif.pyc
                                • Pattern.py
                                • Pattern.pyc
                                • Schema.py
                                • Schema.pyc
                                • Signature.py
                                • Signature.pyc
                                • __init__.py
                                • __init__.pyc
                              • StopTraining.py
                              • StopTraining.pyc
                              • Training.py
                              • Training.pyc
                              • __init__.py
                              • __init__.pyc
                            • Nexus
                              • cnexus.so
                              • Nexus.py
                              • Nexus.pyc
                              • Nodes.py
                              • Nodes.pyc
                              • StandardData.py
                              • StandardData.pyc
                              • Trees.py
                              • Trees.pyc
                              • __init__.py
                              • __init__.pyc
                            • NMR
                              • NOEtools.py
                              • NOEtools.pyc
                              • xpktools.py
                              • xpktools.pyc
                              • __init__.py
                              • __init__.pyc
                            • pairwise2.py
                            • pairwise2.pyc
                            • ParserSupport.py
                            • ParserSupport.pyc
                            • Pathway
                              • Rep
                                • Graph.py
                                • Graph.pyc
                                • MultiGraph.py
                                • MultiGraph.pyc
                                • __init__.py
                                • __init__.pyc
                              • __init__.py
                              • __init__.pyc
                            • PDB
                              • AbstractPropertyMap.py
                              • AbstractPropertyMap.pyc
                              • Atom.py
                              • Atom.pyc
                              • Chain.py
                              • Chain.pyc
                              • Dice.py
                              • Dice.pyc
                              • DSSP.py
                              • DSSP.pyc
                              • Entity.py
                              • Entity.pyc
                              • FragmentMapper.py
                              • FragmentMapper.pyc
                              • HSExposure.py
                              • HSExposure.pyc
                              • MMCIF2Dict.py
                              • MMCIF2Dict.pyc
                              • MMCIFParser.py
                              • MMCIFParser.pyc
                              • Model.py
                              • Model.pyc
                              • NACCESS.py
                              • NACCESS.pyc
                              • NeighborSearch.py
                              • NeighborSearch.pyc
                              • parse_pdb_header.py
                              • parse_pdb_header.pyc
                              • PDBExceptions.py
                              • PDBExceptions.pyc
                              • PDBIO.py
                              • PDBIO.pyc
                              • PDBList.py
                              • PDBList.pyc
                              • PDBParser.py
                              • PDBParser.pyc
                              • Polypeptide.py
                              • Polypeptide.pyc
                              • PSEA.py
                              • PSEA.pyc
                              • QCPSuperimposer
                                • qcprotmodule.so
                                • __init__.py
                                • __init__.pyc
                              • Residue.py
                              • Residue.pyc
                              • ResidueDepth.py
                              • ResidueDepth.pyc
                              • Selection.py
                              • Selection.pyc
                              • Structure.py
                              • Structure.pyc
                              • StructureAlignment.py
                              • StructureAlignment.pyc
                              • StructureBuilder.py
                              • StructureBuilder.pyc
                              • Superimposer.py
                              • Superimposer.pyc
                              • Vector.py
                              • Vector.pyc
                              • __init__.py
                              • __init__.pyc
                            • phenotype
                              • phen_micro.py
                              • phen_micro.pyc
                              • pm_fitting.py
                              • pm_fitting.pyc
                              • __init__.py
                              • __init__.pyc
                            • Phylo
                              • Applications
                                • _Fasttree.py
                                • _Fasttree.pyc
                                • _Phyml.py
                                • _Phyml.pyc
                                • _Raxml.py
                                • _Raxml.pyc
                                • __init__.py
                                • __init__.pyc
                              • BaseTree.py
                              • BaseTree.pyc
                              • CDAO.py
                              • CDAO.pyc
                              • CDAOIO.py
                              • CDAOIO.pyc
                              • Consensus.py
                              • Consensus.pyc
                              • Newick.py
                              • Newick.pyc
                              • NewickIO.py
                              • NewickIO.pyc
                              • NeXML.py
                              • NeXML.pyc
                              • NeXMLIO.py
                              • NeXMLIO.pyc
                              • NexusIO.py
                              • NexusIO.pyc
                              • PAML
                                • baseml.py
                                • baseml.pyc
                                • chi2.py
                                • chi2.pyc
                                • codeml.py
                                • codeml.pyc
                                • yn00.py
                                • yn00.pyc
                                • _paml.py
                                • _paml.pyc
                                • _parse_baseml.py
                                • _parse_baseml.pyc
                                • _parse_codeml.py
                                • _parse_codeml.pyc
                                • _parse_yn00.py
                                • _parse_yn00.pyc
                                • __init__.py
                                • __init__.pyc
                              • PhyloXML.py
                              • PhyloXML.pyc
                              • PhyloXMLIO.py
                              • PhyloXMLIO.pyc
                              • TreeConstruction.py
                              • TreeConstruction.pyc
                              • _cdao_owl.py
                              • _cdao_owl.pyc
                              • _io.py
                              • _io.pyc
                              • _utils.py
                              • _utils.pyc
                              • __init__.py
                              • __init__.pyc
                            • PopGen
                              • Async
                                • Local.py
                                • Local.pyc
                                • __init__.py
                                • __init__.pyc
                              • FDist
                                • Async.py
                                • Async.pyc
                                • Controller.py
                                • Controller.pyc
                                • Utils.py
                                • Utils.pyc
                                • __init__.py
                                • __init__.pyc
                              • GenePop
                                • Controller.py
                                • Controller.pyc
                                • EasyController.py
                                • EasyController.pyc
                                • FileParser.py
                                • FileParser.pyc
                                • LargeFileParser.py
                                • LargeFileParser.pyc
                                • Utils.py
                                • Utils.pyc
                                • __init__.py
                                • __init__.pyc
                              • SimCoal
                                • Async.py
                                • Async.pyc
                                • Cache.py
                                • Cache.pyc
                                • Controller.py
                                • Controller.pyc
                                • data
                                  • bottle.par
                                  • decline_lambda.par
                                  • decline_split.par
                                  • island.par
                                  • simple.par
                                  • split_island.par
                                  • split_ssm_1d.par
                                  • split_ssm_2d.par
                                  • ssm_1d.par
                                  • ssm_2d.par
                                • Template.py
                                • Template.pyc
                                • __init__.py
                                • __init__.pyc
                              • __init__.py
                              • __init__.pyc
                            • Restriction
                              • PrintFormat.py
                              • PrintFormat.pyc
                              • RanaConfig.py
                              • RanaConfig.pyc
                              • Restriction.py
                              • Restriction.pyc
                              • Restriction_Dictionary.py
                              • Restriction_Dictionary.pyc
                              • __init__.py
                              • __init__.pyc
                            • SCOP
                              • Cla.py
                              • Cla.pyc
                              • Des.py
                              • Des.pyc
                              • Dom.py
                              • Dom.pyc
                              • Hie.py
                              • Hie.pyc
                              • Raf.py
                              • Raf.pyc
                              • Residues.py
                              • Residues.pyc
                              • __init__.py
                              • __init__.pyc
                            • SearchIO
                              • BlastIO
                                • blast_tab.py
                                • blast_tab.pyc
                                • blast_text.py
                                • blast_text.pyc
                                • blast_xml.py
                                • blast_xml.pyc
                                • __init__.py
                                • __init__.pyc
                              • BlatIO.py
                              • BlatIO.pyc
                              • ExonerateIO
                                • exonerate_cigar.py
                                • exonerate_cigar.pyc
                                • exonerate_text.py
                                • exonerate_text.pyc
                                • exonerate_vulgar.py
                                • exonerate_vulgar.pyc
                                • _base.py
                                • _base.pyc
                                • __init__.py
                                • __init__.pyc
                              • FastaIO.py
                              • FastaIO.pyc
                              • HmmerIO
                                • hmmer2_text.py
                                • hmmer2_text.pyc
                                • hmmer3_domtab.py
                                • hmmer3_domtab.pyc
                                • hmmer3_tab.py
                                • hmmer3_tab.pyc
                                • hmmer3_text.py
                                • hmmer3_text.pyc
                                • _base.py
                                • _base.pyc
                                • __init__.py
                                • __init__.pyc
                              • _index.py
                              • _index.pyc
                              • _model
                                • hit.py
                                • hit.pyc
                                • hsp.py
                                • hsp.pyc
                                • query.py
                                • query.pyc
                                • _base.py
                                • _base.pyc
                                • __init__.py
                                • __init__.pyc
                              • _utils.py
                              • _utils.pyc
                              • __init__.py
                              • __init__.pyc
                            • Seq.py
                            • Seq.pyc
                            • SeqFeature.py
                            • SeqFeature.pyc
                            • SeqIO
                              • AbiIO.py
                              • AbiIO.pyc
                              • AceIO.py
                              • AceIO.pyc
                              • FastaIO.py
                              • FastaIO.pyc
                              • IgIO.py
                              • IgIO.pyc
                              • InsdcIO.py
                              • InsdcIO.pyc
                              • Interfaces.py
                              • Interfaces.pyc
                              • PdbIO.py
                              • PdbIO.pyc
                              • PhdIO.py
                              • PhdIO.pyc
                              • PirIO.py
                              • PirIO.pyc
                              • QualityIO.py
                              • QualityIO.pyc
                              • SeqXmlIO.py
                              • SeqXmlIO.pyc
                              • SffIO.py
                              • SffIO.pyc
                              • SwissIO.py
                              • SwissIO.pyc
                              • TabIO.py
                              • TabIO.pyc
                              • UniprotIO.py
                              • UniprotIO.pyc
                              • _convert.py
                              • _convert.pyc
                              • _index.py
                              • _index.pyc
                              • __init__.py
                              • __init__.pyc
                            • SeqRecord.py
                            • SeqRecord.pyc
                            • Sequencing
                              • Ace.py
                              • Ace.pyc
                              • Applications
                                • _bwa.py
                                • _bwa.pyc
                                • _Novoalign.py
                                • _Novoalign.pyc
                                • _samtools.py
                                • _samtools.pyc
                                • __init__.py
                                • __init__.pyc
                              • Phd.py
                              • Phd.pyc
                              • __init__.py
                              • __init__.pyc
                            • SeqUtils
                              • CheckSum.py
                              • CheckSum.pyc
                              • CodonUsage.py
                              • CodonUsage.pyc
                              • CodonUsageIndices.py
                              • CodonUsageIndices.pyc
                              • IsoelectricPoint.py
                              • IsoelectricPoint.pyc
                              • lcc.py
                              • lcc.pyc
                              • MeltingTemp.py
                              • MeltingTemp.pyc
                              • ProtParam.py
                              • ProtParam.pyc
                              • ProtParamData.py
                              • ProtParamData.pyc
                              • __init__.py
                              • __init__.pyc
                            • Statistics
                              • lowess.py
                              • lowess.pyc
                              • __init__.py
                              • __init__.pyc
                            • SubsMat
                              • FreqTable.py
                              • FreqTable.pyc
                              • MatrixInfo.py
                              • MatrixInfo.pyc
                              • __init__.py
                              • __init__.pyc
                            • SVDSuperimposer
                              • __init__.py
                              • __init__.pyc
                            • SwissProt
                              • KeyWList.py
                              • KeyWList.pyc
                              • __init__.py
                              • __init__.pyc
                            • TogoWS
                              • __init__.py
                              • __init__.pyc
                            • trie.so
                            • triefind.py
                            • triefind.pyc
                            • UniGene
                              • __init__.py
                              • __init__.pyc
                            • UniProt
                              • GOA.py
                              • GOA.pyc
                              • __init__.py
                              • __init__.pyc
                            • Wise
                              • dnal.py
                              • dnal.pyc
                              • psw.py
                              • psw.pyc
                              • __init__.py
                              • __init__.pyc
                            • _py3k
                              • _ordereddict.py
                              • _ordereddict.pyc
                              • __init__.py
                              • __init__.pyc
                            • _utils.py
                            • _utils.pyc
                            • __init__.py
                            • __init__.pyc
                          • biopython-1.67-py2.7.egg-info
                          • BioSQL
                            • BioSeq.py
                            • BioSeq.pyc
                            • BioSeqDatabase.py
                            • BioSeqDatabase.pyc
                            • DBUtils.py
                            • DBUtils.pyc
                            • Loader.py
                            • Loader.pyc
                            • __init__.py
                            • __init__.pyc
                    • share
                      • licenses
                        • python2-biopython
                          • LICENSE